CAGEE: computational analysis of gene expression evolution

尽管整个转录组数据越来越丰富，但很少有方法可用于分析跨系统发育的全局基因表达。 在这里，我们提出了一个新的软件包 (CAGEE)，用于推断整个系统发育树中基因表达增加和减少的模式，以及这些变化发生的速率。 与之前独立处理每个基因的方法不同，CAGEE 可以计算全基因组的基因表达率，以及每个基因的祖先状态。 这里开发的统计方法可以推断整个基因组进化速率的谱系特异性变化，以及从同一物种采样的多个组织之间的速率可能差异。 我们证明了我们的方法在模拟数据上的准确性和稳健性，并将其应用于从茄属的多个自亲和自亲不亲和物种收集的胚珠基因表达数据集，以检验关于交配系统转变期间作用的进化力的假设 . 这些比较使我们能够突出 CAGEE 的强大功能，证明其可用于任何经验系统和大多数形态特征的分析。 我们的软件可从 https://github.com/hahnlab/CAGEE/ 获取。

10.1093/molbev/msad106