Aneuploidy effects on human gene expression across three cell types

非整倍体综合征影响多个器官系统，但对组织特异性非整倍体效应的理解仍然有限——尤其是对于外周组织和相对难以接近的组织（如大脑）之间的比较。 在这里，我们通过研究染色体 X、Y 和 21 非整倍体在淋巴母细胞系、成纤维细胞和 iPSC 衍生的神经元细胞（分别为 LCL、FCL 和 iN）中的转录组学效应来解决这一知识差距。 我们的分析基于性染色体非整倍体，它为剂量效应分析提供了一个独特的广泛核型范围。 我们首先利用来自 197 个个体的大型 LCL RNA-seq 数据集，这些个体具有 6 种性染色体剂量（SCD：XX、XXX、XY、XXY、XYY 和 XXYY）中的一种，以 i) 验证 SCD 敏感性的理论模型和 ii) 定义一个 扩展的 41 个基因组显示出对 SCD 的专性剂量敏感性并且都是顺式的（即位于 X 或 Y 染色体上）。 然后，我们使用多个互补分析来表明 LCL 中 SCD 的顺式效应在 FCL (n = 32) 和 iNs (n = 24) 中都得到了保留，而反式效应（即那些对常染色体基因表达的效应）大多没有保留。 对其他数据集的分析证实，在 21 三体细胞系中也可以看到顺式与反式效应的跨细胞类型重现性更高。 这些发现 i) 扩展了我们对 X、Y 和 21 染色体剂量对人类基因表达的影响的理解，以及 ii) 表明 LCL 可以提供一个很好的模型系统来理解非整倍性在难以获得的细胞类型中的顺式效应。

10.1073/pnas.2218478120