Single-cell long-read mRNA isoform regulation is pervasive across mammalian b...

RNA 异构体影响细胞身份和功能。 直到最近，技术限制还阻碍了对同种型对大脑不同部位细胞身份影响的全基因组评估。 使用增强型长读长单细胞亚型测序，我们全面分析了多个小鼠大脑区域、细胞亚型和从出生后第 14 天 (P14) 到成年 (P56) 的发育时间点中的 RNA 亚型。 对于 75% 的基因，全长亚型表达沿表型起源的一个或多个轴变化，强调了亚型调控在多个尺度上的普遍性。 正如预期的那样，细胞类型之间的剪接差异很大。 然而，某些基因类别，包括神经递质释放和再摄取以及突触转换，在不同解剖区域的同一细胞类型中存在显着差异，表明网络活动的差异可能影响细胞类型的识别。 异构体表达中的神经胶质脑区域特异性包括强聚 (A) 位点调节，而神经元具有更强的 TSS 调节。 此外，细胞类型特异性剪接的发育模式在从 P21 到 P28 的小鼠青春期过渡中尤为明显。 在整个发育过程中追踪的相同细胞类型显示出比成人解剖区域更多的亚型变异性，表明功能程序的协调调制决定了神经发育。 由于 P56 小鼠海马体中的大多数细胞类型特异性外显子在人类海马体新生成的数据中表现相似，因此这些原理可以外推到人脑。 然而，人类大脑在剪接方面进化出了额外的细胞类型特异性，这表明存在功能获得亚型。 综上所述，我们展示了一个详细的单细胞图谱，涵盖了发育和解剖区域的全长大脑同种型调控，提供了以前未被重视的跨大脑多个尺度的同种型变异性程度。

https://doi.org/10.1101/2023.04.02.535281