SifiNet: A robust and accurate method to identify feature gene sets and annot...

单细胞测序提供了一种量化细胞组学表型的方法。 识别细胞类型特异性特征基因是理解细胞异质性的一个重要方面。 在过去的十年中，已经开发了许多方法来识别特征基因； 然而，这些方法要么依赖于可疑的细胞聚类，要么无法提供亚群特异性标记。 我们介绍了 SifiNet，这是一种基于基因共表达网络拓扑结构识别标记基因集的稳健而准确的方法。 鉴定出的基因集有助于计算细胞基因集富集分数和细胞注释，并可以揭示细胞亚群之间潜在的过渡关系。 SifiNet 在标记基因集识别和细胞类型注释准确性方面优于最先进的方法。 它适用于单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 和单细胞 ATAC 测序 (scATAC-seq) 数据。 我们已将 SifiNet 应用于各种实验研究，成功地识别了新的基因标记，注释了具有复杂异质性的细胞，并揭示了有趣的细胞发育轨迹。

https://doi.org/10.1101/2023.05.24.541352