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GeneDMRs: An R Package for Gene-Based Differentially Methylated Regions Analysis

作者:diyicizhuce | 时间:2022-8-4 21:15:59 | 阅读:172| 显示全部楼层
基因或基因体中的DNA甲基化会影响基因转录。此外,基因区域和 CpG 岛区域的甲基化可以将转录调节到不可检测的基因表达水平。因此,有必要研究基因、基因体、CpG岛区域及其重叠区域内的甲基化水平,然后确定基于基因的差异甲基化区域(GeneDMRs)。在这项研究中,R 包 GeneDMRs 旨在促进使用基于下一代测序的甲基化组数据计算基于基因的甲基化率。用户友好的 GeneDMRs 软件包用于分析每个基因/启动子/外显子/内含子/CpG 岛/CpG 岛岸或每个重叠区域(例如,基因-CpG 岛/启动子-CpG 岛/外显子-CpG 岛)中的甲基化水平/内含子-CpG岛/基因-CpG岛岸/启动子-CpG岛岸/外显子-CpG岛岸/内含子-CpG岛岸)。 GeneDMR 还可以解释生理条件或疾病状态下甲基化水平与基因表达差异或相似性之间的复杂相互作用。我们使用公开的减少代表性的小鼠亚硫酸氢盐测序数据 (GSE62392) 来评估软件并揭示具有生物学意义的新结果,以补充先前的研究。此外,考虑到更大尺寸的牛(GSE106538)的全基因组亚硫酸氢盐测序数据用于进一步评估。

https://doi.org/10.1089/cmb.2020.0081
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diyicizhuce 发表于:2022-8-4 21:16:47
GeneDMRs: An R Package for Gene-Based Differentially Methylated Regions Analysis
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